對食品加工來講，通過控制病原體所需的營養(yǎng)成分來控制病原體難以達到目的，因為除特別情形之外，大多數(shù)食品為病原體生長提供了充足的營養(yǎng)。食品加工可以通過分別控制食品中管道殺菌和水處理殺菌消毒，或通過特定的包裝技術(shù)調(diào)節(jié)氣體來控制病原體的生長。
在食品加工中的生物性污染的主要途徑是：(1)生熟不分；(2)不潔的容器；(3)從業(yè)人員不潔的手；(4)從業(yè)人員為帶菌(病毒)者；(5)空氣中塵埃；(6)未經(jīng)消毒或消毒不徹底的設(shè)備 ；(7)未消毒或未徹底消毒的包裝材料；(8)地面；(9)其他不潔物品。
如何控制好微生物對食品的污染，已成為人們關(guān)注的話題。
來源：
1.食品生產(chǎn)車間工藝布局不合理，存在交叉污染、防蟲防鼠防塵設(shè)施不足、作業(yè)人員不注意個人衛(wèi)生或患有傳染性等疾病沒及時離崗，是引起食品二次污染的主要原因。
2.食品冷卻和包裝車間潔凈度要求很高，但企業(yè)缺乏相關(guān)專業(yè)知識，消毒殺菌方法不當,生產(chǎn)車間的空氣、設(shè)備、工器具（包括操作臺）、包裝材料未經(jīng)有效消毒或消毒不徹底，這些物品上殘存的微生物與食品接觸后迅速生長繁殖，也是引起食品二次污染的重要原因。
3 無菌包裝區(qū)、GMP車間的細菌感染 包裝材料和密封容器、灌裝設(shè)備都需要達到無菌狀態(tài)；灌裝和封蓋要在無菌環(huán)境下進行，如果消毒殺菌不當，或消毒不徹底，都會造成二次污染的重要原因。。
對 策
1．控制人員衛(wèi)生
人是重要因素，直接接觸食品的操作工人和車間的管理人員進入車間前應(yīng)更衣洗手消毒，不留長指甲，不佩戴飾品，頭發(fā)應(yīng)裹在帽子里，以免發(fā)屑中細菌散落空中污染空氣，便后要洗手消毒，不能穿工作服工作鞋進入衛(wèi)生間（每次出入車間脫換工作服）。
2．控制作業(yè)場所空氣質(zhì)量
①改善作業(yè)車間衛(wèi)生。布局合理，完善防鼠防蟲防塵和空氣消毒設(shè)施，通風(fēng)良好，保持墻壁地板六面干凈，有防霉措施。清潔區(qū)和非清潔區(qū)的通風(fēng)系統(tǒng)要相互獨立，保持周邊環(huán)境清潔，定期進環(huán)境殺菌消毒。
②改進更衣洗手設(shè)施。更衣室的消毒設(shè)施應(yīng)合理安裝和配制，工作服、口罩、鞋、帽等應(yīng)與私人衣物隔離存放，且掛在常有生態(tài)型氣體消毒范圍區(qū)域的地方，手部消毒液每班次進行一次。
③食品生產(chǎn)企業(yè)車間進口處設(shè)置與門等寬、長
3．控制車間設(shè)備和包裝材料的衛(wèi)生
設(shè)備（含操作臺、工器具等）清洗消毒時一定要保證徹底性，尤其是死角（如閥門、墊圈、彎頭、噴嘴等處），要經(jīng)常檢查是否有結(jié)垢現(xiàn)象發(fā)生，保持設(shè)備管道的完整性，不能有破損。清潔區(qū)（食品的冷卻間、包裝間）與非清潔區(qū)、生區(qū)與熟區(qū)的工具、容器應(yīng)做好標記，分區(qū)清洗，嚴格消毒、專區(qū)專用，避免交叉污染。包裝材料在進入車間前必須經(jīng)過有效的清洗、消毒。
4．掌握科學(xué)的消毒方法
消毒殺菌是食品質(zhì)量控制的關(guān)鍵環(huán)節(jié)，消毒（滅菌）時，除了注意消毒方法本身的性質(zhì)和特點外，還要注意使用方法和外界因素對消毒效果的影響，對這些因素的掌握并加以利用，才能提高其消毒效果。食品生產(chǎn)車間常用臭氧消毒方法及注意事項如下：
1、環(huán)境空間殺菌：下班后用濃度為100ppm（
2、用8mg/L以上高濃度臭氧水對操作工人手、工作靴進行沖洗殺菌，工作器具進行沖洗浸泡殺菌；
3、每天上下班后對更衣室工作服用100ppm臭氧進行1小時殺菌，
4、用8mg/L臭氧水對車間等地面工具進行沖洗殺菌。
5、周邊環(huán)境定期用8mg/L以上臭氧水進行噴撒殺菌。
5.臭氧殺菌特點
臭氧殺菌迅速:（濃度達到100ppm殺菌瞬間完成）；殺菌徹底: (細菌霉菌大腸桿菌病毒芽胞殺滅率99.99%)；無殘留污染: (殺菌完成后會自動分解成氧氣，無任何殘留)；成本低廉：（直接以空氣中的氧氣為原料無后期費用）。
