氧化鎂脫硫存在二次污染。目前氧化鎂主要采用美國為回收式鎂法，臺灣和韓國工藝上大都將廢水凈化后外排至大海，對淡水水體不產生影響。(這也是氧化鎂脫硫在我國電廠脫硫很少采用的主要原因)。
其脫硫生成溶解度很大的硫酸鎂，硫酸鎂只能以溶液形式外排到市政管道，因此系統(tǒng)在脫硫過程中將產生大量的廢水外排(每臺爐在2.0t /h以上)，其外排廢水硫酸鎂的濃度至少在20000mg/L以上，外排水不符合《水污染物排放標準》(DB11307-2005)中可溶固體總量小于2000mg/L的要求。并且，地方水域屬受納水體類型，往外排出量少，自凈能力差，若長期大量往水域排入可溶性鎂離子(其極難處理，傳統(tǒng)的生物處理處理不了)，將會造成水域總堿度超標。
