海關對進出口貨物報關管理的主要制度實際是報關注冊登記制度。凡是在中華人民共和國進出境口岸辦理進出口貨物報關手續(xù)的企業(yè)必須向海關辦理報關注冊登記。

要履行進出口貨物的報關手續(xù)，必須先經(jīng)海關批準成為報關單位。能夠向海關注冊登記的單位分為兩類，一類是辦理報關注冊登記單位；另一類是辦理代理報關注冊登記單位。辦理報關和代理報關登記，在企業(yè)所在地海關辦理。報關業(yè)務，應由報關企業(yè)和代理報關企業(yè)指派專人即報關員辦理。報關員必須經(jīng)海關培訓、考核合格并獲得由海關頒發(fā)的《報關員證》才可以從事報關工作。

（一）辦理報關注冊登記單位

可以向海關申請辦理報關注冊登記的單位有：經(jīng)批準有進出口貿(mào)易經(jīng)營權的企業(yè)；中外合資、合作經(jīng)營企業(yè)及外商獨資企業(yè)；經(jīng)海關認可，直接辦理進出口手續(xù)的經(jīng)營對外加工、裝配和中小型補償貿(mào)易的企業(yè)；其經(jīng)海關認可的經(jīng)常辦理進出口貨物手續(xù)的單位。

申請辦理報關注冊登記的企業(yè)，應向海關提交有關文件材料：1.經(jīng)貿(mào)管理部門批準其經(jīng)營進、出口業(yè)務的文件副本或影印件；2.工商行政管理部門核發(fā)的營業(yè)執(zhí)照副本或影印件；3.銀行出具的經(jīng)濟擔保書或具有同等效力的證明文件；4《報關注冊登記申請書》；5.有關部門批準開業(yè)的證件副本或者影印件。以上內(nèi)容經(jīng)海關審核批準后，發(fā)給《報關注冊登記證明書》。

（二）辦理代理報關注冊登記的單位

具有法人資格的企業(yè)，可向海關申請辦理代理報關注冊登記，并同時向海關提交有關文件材料：工商行政管理部門核發(fā)的營業(yè)執(zhí)照；代理報關注冊登記申請書；資信證明文件，如有足夠的流動資產(chǎn)或銀行存款、保證進出口貨物稅款能夠及時繳納的證明文件，或是向金融機構投保并向海關提交金融機構出具的經(jīng)濟擔保書，或者通過公證機關以固定資產(chǎn)抵押形式保證繳納的資信證明文件。申請經(jīng)海關審核批準后，發(fā)給《報關注冊登記證明書》。企業(yè)取得報關單位的資格后，即可由專職或兼職報關員辦理貨物進出關境的手續(xù)。

（一）進出口貨物的申報

進出口貨物的收、發(fā)貨人或者他們的代理人，在貨物進出口時，應在海關規(guī)定的期限內(nèi)，按海關規(guī)定的格式填寫進出口貨物報關單，隨附有關的貨運、商業(yè)單據(jù)，同時提供批準貨物進出口的證件，向海關申報。報關的主要單證有以下幾種：

進口貨物報關單。一般填寫一式二份（有的海關要求報關單份數(shù)為三份）。報關單填報項目要準確、齊全、字跡清楚，不能用鉛筆；報關單內(nèi)各欄目，凡海關規(guī)定有統(tǒng)計代號的，以及稅則號列及稅率一項，由報關員用紅筆填寫；每份報關單限填報四項貨物；如發(fā)現(xiàn)情況有無或其他情況需變更填報內(nèi)容的，應主動、及時向海關遞交更改單。

出口貨物報關單。一般填寫一式兩份（有的海關要求三份）。填單要求與進口貨物報關單基本相同。如因填報有誤或需變更填報內(nèi)容而未主動、及時更改的，出口報關后發(fā)生退關情況，報關單位應在三天內(nèi)向海關辦理更正手續(xù)。

隨報關單交驗的貨運、商業(yè)單據(jù)。任何進出口貨物通過海關，都必須在向海關遞交以填好的報關單的同時，交驗有關的貨運和商業(yè)單據(jù)，接受海關審核諸種單證是否一致，并由海關審核后加蓋印章，作為提取或發(fā)運貨物的憑證。隨報關單同時交驗的貨運和商業(yè)單據(jù)有：海運進口提貨單；海運出口裝貨單（需報關單位蓋章）；陸、空運運單；貨物的發(fā)票（其份數(shù)比報關單少一份，需報關單位蓋章等）；貨物的裝箱單（其份數(shù)與發(fā)票相等，需報關單位蓋章）等。需要說明的是如海關認為必要，報關單位還應交驗貿(mào)易合同、定貨卡片、產(chǎn)地證明等。另外，按規(guī)定享受減、免稅或免驗的貨物，應在向海關申請并已辦妥手續(xù)后，隨報關單交驗有關證明文件。

進（出）口貨物許可證。進出口貨物許可證制度，是對進出口貿(mào)易進行管理的一種行政保護手段。我國與世界上大多數(shù)國家一樣，也采用這一制度對進出口貨物、物品實行全面管理。必須向海關交驗進出口貨物許可證的商品并不固定，而是由國家主管部門隨時調整公布。凡按國家規(guī)定應申領進出口貨物許可證的商品，報關時都必須交驗由對外貿(mào)易管理部門簽發(fā)的進出口貨物許可證，并經(jīng)海關查驗合格無誤后始能放行。但對外經(jīng)濟貿(mào)易合作部所屬的進出口公司、經(jīng)國務院批準經(jīng)營進出口業(yè)務的個部位所屬的工貿(mào)公司、個省（直轄市、自治區(qū)）所屬的進出口公司，在批準的經(jīng)營范圍內(nèi)進出口商品，視為以取得許可，免領進出口貨物許可證，只憑報關單即可向海關申報；只有在經(jīng)營進出口經(jīng)營范圍以外的商品時才需要交驗許可證。

檢驗檢疫制度：國家出入境檢驗檢疫局與海關總署從2000年1月1日起實施新的檢驗檢疫貨物通關制度，通關模式為“先報驗，后報關”。同時出入境檢驗檢疫部門將啟用新的印、證書。

新的檢驗檢疫制度對原衛(wèi)檢局、動植物局、商檢局進行“三檢合一”，全面推 行“一次報檢、一次取樣，一次檢驗檢疫，一次衛(wèi)生除害處理，一次收費，一次發(fā)證放行”的工作規(guī)程和“一口對外”的國際通用的新的檢驗檢疫模式。而從 2000年1月1日起，對實施進出口檢疫的貨物啟用“入境貨物通關單”和“出境貨物通關單”，并在通關單上加蓋檢驗檢疫專用章，對列入《出入境檢驗檢疫機構實施檢驗檢疫的進出口商品目錄》范圍內(nèi)的進出口貨物（包括轉關運輸貨物），海關一律憑貨物報關地出入境檢驗檢疫局簽發(fā)的“入境貨物通關單”或“出境貨物通關單”驗放，取消原“商檢、動植檢、衛(wèi)檢”以放行單、證書及在報關單上加蓋放行章通關的形式。同時， 正式啟用出入境檢驗檢疫證書，原來以“三檢”名義對外簽發(fā)的證書自2000年4月1日 起一律停止使用。

同時，從2000年起對外簽訂合同、信用證時都要按新制度辦事。

海關要求報關單位出具“入境貨物通關單”或“出境貨物通關單”，一方面是監(jiān)督法定檢驗商品是否已經(jīng)接受法定的商檢機構檢驗；另一方面是取得進出口商品征稅、免稅、減稅的依據(jù)。根據(jù)《中華人民共和國進出口商品檢驗法》以及《商檢機構實施檢驗的進出口商品種類表》規(guī)定，凡列入《種類表》的法定檢驗的進出口商品，均應在報關前向商品檢驗機構報驗。報關時，對進出口商品，海關憑商檢機構簽發(fā)的“入境貨物通關單”和“出境貨物通關單”進口貨物報關單上加蓋的印章驗收。

除上述單證外，對國家規(guī)定的其他進出口管制貨物，報關單位也必須向海關提交由國家主管部門簽發(fā)的特定的進出口貨物批準單證，由海關查驗合格無誤后再予以放行。諸如藥品檢驗，文物出口簽定，金銀及其制品的管理，珍貴稀有野生動物的管理，進出口射擊運動、狩獵用槍支彈藥和民用爆破物品的管理，進出口音像制品的管理等均屬此列。

（二）進出口貨物的查驗

進出口貨物，除海關總署特準查驗的以外，都應接受海關查驗。查驗的目的是核對報關單證所報內(nèi)容與實際到貨是否相符，有無錯報、漏報、瞞報、偽報等情況，審查貨物的進出口是否合法。 海關查驗貨物，應在海關規(guī)定的時間和場所進行。如有特殊理由，事先報經(jīng)海關同意，海關可以派人員在規(guī)定的時間和場所以外查詢。申請人應提供往返交通工具和住宿并支付費用。

海關查驗貨物時，要求貨物的收、發(fā)貨人或其代理人必須到場，并按海關的要求負責辦理貨物的搬移、拆裝箱和查驗貨物的包裝等工作。海關認為必要時，可以徑行開驗、復驗或者提取貨樣、貨物保管人應當?shù)綀鲎鳛橐娮C人。

查驗貨物時，由于海關關員責任造成被查貨物損壞的，海關應按規(guī)定賠償當事人的直接經(jīng)濟損失。賠償辦法：由海關關員如實填寫《中華人民共和國海關查驗貨物，物品損壞報告書》一式兩份，查驗關員和當事人雙方簽字，各留一份。雙方共同商定貨物的受損程度或修理費用（必要時，可憑公證機構出具的鑒定證明確定），以海關審定的完稅價格為基數(shù)，確定賠償金額。賠償金額確定后，由海關填發(fā)《中華人民共和國海關損壞貨物、物品賠償通知》，當事人自收到《通知單》之日起，三個月內(nèi)憑單向海關領取賠款或將銀行帳號通知海關劃撥，逾期海關不再賠償。賠款一律用人民幣支付。

（三）進出口貨物的放行

海關對進出口貨物的報關，經(jīng)過審核報關單據(jù)、查驗實際貨物，并依法辦理了征收貨物稅費手續(xù)或減免稅手續(xù)后，在有關單據(jù)上簽蓋放行章，貨物的所有人或其代理人才能提取或裝運貨物。此時，海關對進出口貨物的監(jiān)管才算結束。 另外，進出口貨物因各種原因需海關特殊處理的，可向海關申請擔保放行。海關對擔保的范圍和方式均有明確的規(guī)定。